Основаването
Музеят е основан в читалището на гр. Свети Врач. Началото на музейното дело е поставено на 25 юни 1936 г. в читалището на гр. Свети Врач. По време на сказка на проф. Дечев се основава археологическо дружество „Струма". Първата точка на устава на дружеството е да „...издирва и запазва старините на гр. Свети Врач и околията му и да буди интерес за тях всред населението".
Повече помещения
По предложение на кметството се разширява проектът за строителство на помещения за прислугата към училище „Св. Климент Охридски" и след завършването им през 1937 г. музеят се сдобива с първата си сграда и охрана - прислугата на училището.
Откриване
С откриването на музейната сграда и експозиция на 18 май 1970 г. по повод IV Национална археологическа конференция в гр. Благоевград музеят се превръща в сериозна институция с пораснали възможности за осъществяване на своите задачи в областта на музейното дело.
Обновяване
Музейната сграда е обновена по проект „Сандански - зората на ранното християнство"